Образовательная организация создана в 1985 году как Медицинское училище № 22 Главного управления здравоохранения Мосгорисполкома.

В соответствии с распоряжением Правительства Москвы от 23 марта 2009 г. № 485-РП переименована в Государственное образовательное учреждение среднего профессионального образования города Москвы «Медицинский колледж № 6 Департамента здравоохранения города Москвы». 

На основании приказа Департамента здравоохранения города Москвы от 26 декабря 2011 г. № 1879 переименована в Государственное бюджетное образовательное учреждение среднего профессионального образования города Москвы «Медицинский колледж № 6 Департамента здравоохранения города Москвы».

В 2014 году на основании приказа Департамента здравоохранения города Москвы от 25 февраля 2014 г. № 152 к Медицинскому колледжу № 6 был присоединен «Фармацевтический колледж Департамента здравоохранения города Москвы».

Приказом Департамента здравоохранения города Москвы от 15 июня 2015 года № 495 Медицинский колледж № 6 был реорганизован путем присоединения к нему Медицинского училища № 30, Медицинского колледжа имени Клары Цеткин, Медицинского училища № 15 Департамента здравоохранения города Москвы, и переименован в Государственное бюджетное профессиональное образовательное учреждение Департамента здравоохранения города Москвы «Медицинский колледж № 6».